2006年以来，随着国家层面教育部“创新团队支持计划”的深入实施，浙江省也推出了科技厅的“浙江省重点创新团队”建设计划和教育厅的“浙江省高校创新团队支持计划”，学校积极顺应科研工作新形势、新要求，及时改变单兵作战式科研组织方式，日益重视科研创新团队建设工作，十年来取得了明显成效。
学校通过凝练科研主攻方向、整合汇聚科研人才、夯实科研基础条件、提升科研创新能力等方面的准备和积累，2008年获得第一个国防科技创新团队，2009年获得2个浙江省重点科技创新团队和7个浙江省高校创新团队，开启了创新团队建设的良好开端。
2010年开始，学校在前期科技创新团队建设的基础上，紧密结合自身学科建设、科学研究和人才培养的特色优势和发展需求，继续完善科研创新团队建设和发展的布局，先后有4个团队入选浙江省重点科技创新团队。
2013年，学校出台了“2213”人才建设工程一系列举措，明确在三年内自主培育20个左右重点科技创新团队。学校创新团队建设工作进入了全面谋划、引育并重、规范发展、快速推进的重要阶段。这一阶段，一方面按照计划顺利完成了20个自主培育创新团队的立项建设，另一方面在省级创新团队建设上也继续保持良好的发展态势，2013年获得了3个浙江省重点科技创新团队。同时，学校还开始了团队整体引进的人才招募模式，成功引进了骆建军团队等，该团队在2013年入选省重点创新团队的基础上，2014年又成功入选省领军型创新创业团队。
2006--2015年省部级以上创新团队一览表
| 序号 | 团队名称 | 批准时间 |
| 1 | 国防科技创新团队（第二批） | 2008年 |
| 2 | 浙江省化工行业安全生产关键技术及装置创新团队 | 2009年 |
| 3 | 浙江省传感器网络创新团队 | 2009年 |
| 4 | 通信与信号处理浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 5 | 磁电子材料和器件浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 6 | 海洋机电装备技术创新团队浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 7 | 信息与控制技术创新团队浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 8 | 大规模无线传感器网络创新团队浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 9 | 在线检测创新团队浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 10 | 决策科学与创新管理浙江省高校科技创新团队 | 2009年 |
| 11 | 浙江省轮机与港口装备技术科技创新团队 | 2010年 |
| 12 | 浙江省智能识别关键技术与应用科技创新团队 | 2010年 |
| 13 | 浙江省面向行业的嵌入式关键技术科技创新团队 | 2010年 |
| 14 | 浙江省3D产业关键技术科技创新团队 | 2011年 |
| 15 | 浙江省固态存储和数据安全关键技术创新团队 | 2013年 |
| 16 | 浙江海洋电子技术创新团队（与浙江海洋学院联合） | 2013年 |
| 17 | 浙江省“信息化与创新管理”重点创新团队 | 2013年 |
| 18 | 自主可控信息安全存贮技术领军型创业团队 | 2014年 |