为了更好地发挥我校学科协同创新，服务于浙江经济转型升级、产业结构调整、战略性新兴产业、海洋经济和智慧城市建设，学校成立了工程研究院。工程研究院由特色明显、方向明确、学科交叉、可持续发展的以问题为中心开展研究的若干个创新团队组成，包含浙江省杭电智慧城市研究中心、浙江省信息化与经济社会发展研究中心、微电子研究中心和海洋工程研究中心等4个研究中心，拥有“浙江智慧城市区域协同创新中心” 省级2011协同创新中心、“浙江省信息化与经济社会发展研究中心”省级哲学社会科学重点研究基地、固态硬盘和数据安全技术”省级重点实验室、“深海探测作业装备技术科研平台”省级财政专项实验室。
研究院十分重视科学研究工作，承担了一批国家级和省部级科研项目，一些高水平的科研成果获国家、省部级奖励，研究成果获得省部级科学技术奖二等奖2项、三等奖2项，获国家发明专利授权6项，出版专著16部。近3年科研经费累计达2000多万元。目前一批研究成果为我国信息产业的发展和浙江省经济建设作出了积极贡献。
浙江省杭电智慧城市研究中心
浙江省杭电智慧城市研究中心成立于2012年，是依托学校、面向全省、辐射全国，服务于智慧城市建设的研究机构。研究中心致力于提供政、产、学、研、用协同创新的开放平台，致力于在政策、规划、技术、业务和标准建设等方面开展研究咨询，打造智慧城市的情报信息、实务研究、决策咨询、业务培训、协同创新与智慧城市体验等研究平台。设置有云计算与大数据研究所、智能终端与智慧感知研究所、智慧交通研究所等12个研究所，在此基础上，打造物联网技术、云计算技术、大数据技术和系统仿真等4个基础平台，培育智慧交通、智慧水务、智慧健康、智慧政务、产业生态和顶层设计等6个优势智慧应用领域，形成咨询与决策、培训中心和情报信息等3个智库服务业务。
中心为杭州、下沙经济技术开发区、广东梅州、湖州、丽水、嘉兴等地方政府提供智慧城市发展决策咨询、切实可行的具体规划方案。中心领导深入温州、丽水等地，开展智慧城市、大数据等领域讲座与培训。联合浙江日报社，承办了首届浙江智慧园区发展高峰论坛。
浙江省信息化与经济社会发展研究中心
浙江省信息化与经济社会发展研究中心成立于2012年6月，2014年4月获批浙江省第三批哲学社会科学重点研究基地，它是学校充分发挥信息学科特色和经济管理学科优势，整合信息科学、管理学、经济学、统计学、新闻传播学等学科资源而建立的开放式学术研究机构，目前已成为浙江省及杭州市政府信息化领域重要研究机构之一。现建有杭州市信息化与新兴产业发展研究基地、浙江统计科学研究基地及浙江省高校人文社科重点研究基地，并拥有浙江省重点创新团队“信息化与创新管理”团队。
中心在科技合作、成果推广转化和服务地方经济发展活动中取得明显成效。中心研究人员陈畴镛教授、王雷副教授等完成的杭州市国家下一代互联网示范城市建设工作方案，由杭州市政府同意后上报国家发改委等4部委，经过论证，杭州市已被批准为国家下一代互联网示范城市；王雷副教授、胡保亮副教授等承担并完成了浙江省台州温岭市信息化发展规划（2013-2020），温岭市信息化和工业化深度融合行动计划等项目研究，张炜教授承担并完成的浙江省丽水市智慧政务建设需求分析与咨询项目研究，辛金国教授承担的黄岩现代生产性服务业项目及易颜新教授为巨化集团提供的信息化财务项目等，在政企合作方面取得较好社会服务效果。
微电子研究中心
微电子研究中心起源于杭州电子工业学院微电子CAE研究所，由我国著名半导体科学家邓先灿教授于1991年创办，创始初期主要有我国微波电路CAD设计专家赵国南教授、模拟集成电路设计专家沈铎教授、微电子专家陈显萼教授等。2013年，应学校邀请，骆建军博士携研发团队回国加盟母校，创建杭州电子科技大学微电子研究中心开展科技攻关，以数码存储和数据安全为两大支柱研究方向，以集成电路芯片设计为核心，形成了数码存储卡、移动存储盘、固态硬盘（SSD）等为核心的一系列国际领先的科研成果。
该中心当前的研究重点是以大规模集成电路芯片设计为核心技术，以数码存储和数据安全为特色产业方向的专业研究。主要研究方向包括：固态存储/云存储关键技术研究与应用、数据安全技术研究与应用、固态存储核心芯片技术研究与应用。 微电子研究中心以数码存储和数据安全为两个支柱研究方向，以集成电路芯片设计为核心支撑，创造了一系列国际先进的成果，形成了数码存储卡、移动存储盘、固态硬盘产品，并融合数据安全，在安全电脑、保密存储、银行支付、国防安全、智能武器等应用领域，走在了科研和产业化的前沿。
海洋工程研究中心
根据国家海洋经济战略发展需要，紧密结合浙江省海洋经济产业特色，基于我校在海洋电子探测与采样技术领域有一支学术水平高、工程经验丰富的研发队伍，海洋工程研究中心于2013年成立。经过近2年的建设，研究中心在下沙高教园区6号大街200号海创园区拥有近1000平方米的试验基地，并且搭建了350万元的深海探测作业装备技术的科研平台。
该中心将作为涉海学科发展的大平台，整合校内资源，开放共享，推进涉海科研能力与平台建设，致力于科学研究、人才培养、学科建设、地方经济和社会服务等方面工作，服务国家海洋发展战略和浙江省海洋经济发展需求。中心在我校已经具备的涉海工作基础和研究团队基础上，定位发展为水下机器人、海洋电子技术、海水淡化技术、海洋信息处理4个研究领域
海洋工程研究中心一直和舟山合作，开发研制水下机器人，解决舟山海域近海海底电缆的施工、维护、运行。未来中心将建设成为我国重要的国家级海洋科教基地和海洋人才高地，并为浙江海洋经济发展建设作出重大贡献。